在我国，增值税的增值率计算公式如下：

增值率 = 增值额 / 扣除项目金额

其中，增值额是指纳税人转让房地产所取得的收入减除扣除项目金额后的余额。纳税人转让房地产所取得的收入包括货币收入、实物收入和其他收入。扣除项目金额则包括购房**的原值、评估价格、转让环节缴纳的税金等。

以一个具体案例为例，甲于2019年购得一商铺，购入价为80万元，支付契税2.4万元。2021年，甲将该商铺转让给乙，转让价为120万元。假设甲能提供该商铺的购房**和评估报告，评估价格为108万元，甲在转让时应如何缴纳土地增值税？

解答如下：

1. 计算应缴纳营业税及相关税费：

应缴纳增值税 = （120 – 80）× 5% = 1万元

应缴纳城建税 = 1 × 7% = 0.07万元

应缴纳教育费附加 = 1 × 3% = 0.03万元

应缴纳印花税 = 120 × 0.05% = 0.06万元

应缴纳堤围费 = （120 – 80）× 0.1% = 0.04万元

2. 计算应缴纳土地增值税：

扣除项目金额 = 评估价格 + 转让环节缴纳的税金 = 108 + 1 + 0.07 + 0.03 + 0.06 + 0.04 = 112.1万元

增值额 = 120 – 112.1 = 7.9万元

增值率 = 7.9 / 112.1 × 100% ≈ 7.07%

根据土地增值税税率表，增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%。在此案例中，增值率7.07%未超过50%，因此税率为30%。甲在转让商铺时应缴纳的土地增值税为：7.9 × 30% = 2.37万元。

通过以上计算，甲在转让商铺时需缴纳的土地增值税为2.37万元。需要注意的是，不同地区的税率可能有所不同，具体税率以当地政策为准。在实际操作中，建议咨询专业税务人员以确保正确履行纳税义务。